Для начала отделите мух от котлет: мастерскада это мастерскада, сервер это сервер и контроллеры это контроллеры.
На ошибки мастерскады влияет только сама мастерскада. И судя по всему у вас лицензионная версия на слишком малое количество точек ввода/вывода. На две ВУ хватает, а на три уже нет.
Ну а что ранние версии мастерскады на превышение лицензии писали ошибку при переходе в режим исполнения, оставим это на совести ИнСата и их забывчивой техподдержки.
.