Если переменные вот так отваливаются - надо ими из дерева заменить те, что отвалились. Перед загрузкой в проект - проверять.
Эту проблему сейчас программисты знают, буквально 2 часа назад разговаривал с одним из них, одну часть проблемы уже решили, подождём, когда сделают дальше. А пока - только проверка перед загрузкой. Поэтому, пользуйтесь всегда самыми новыми версиями
лоджика. Они показывают больше стабильности в работе.
Если это поможет: входы отваливаются при выходе из макроса на главный экран проекта. Происходит это непредсказуемо и хаотично. Может отвалиться "сразу всё". Проверить быстро можно развернув дерево устройств по всем входам и выходам. Сразу будет видно, какие пропали с поляны.