Хм... Может, защитить конфигурацию сервера паролем (лектус, например, позволяет это)?
Помогает ещё установка атрибута "Read only" у файла конфигурации сервера.
Ещё можно запретить изменение/удаление файла, если файловая система NTFS. Но это уже пляски с бубном. Но цели своей они достигают
