Сервер СМКоннекта - это приложение внутри опреационной системы. оно работает независимо от всех остальных вещей. Настраивается через веб-интерфейс.
Пульт - это проект для smlogix, он просто загружается в контроллер и работает.
Ничего друг другу мешать не будет. Читать можно про смконнект
http://dl.segnetics.com/WebHelp/SMConnect/