Проблему решил полностью.
Причина:
1. Сеть была комбинированная - кольцо и звезда (интерфейса RS-485) и ModBUS-TCP (Ethernet 10Base-T). - Решение перевел все на ModBUS-TCP (Ethernet 10Base-T).
2. В одном шкафу земля контроллера (Аналоговая AOU), была закорочена на общую землю питания. (Классный монтаж при недостатке клеммных колодок была использована клеммная колодка земли (желто-зеленая) - полная переборка шкафа.
На сегодня связь стабильная проблем нет, в сети 28 приточно-вытяжных установок, 6 VRF систем общим кол-вом внутренних блоков 95 шт., до конца года планирую еще подключить 8 VRF систем 120 блоков и 6 ПВУ.