Давайте еще раз. Есть контроллер 2G c каким-то проектом, к нему подключен Пу-2М(можно откинуть провода modbus или ethernet и проверить где потеряется связь), насколько я понял, эта связка работает. Ваша цель какая, устроить диспетчеризацию? Что за программа с кодом на Ruby? Вы проверяете что система в ДУ и запущена, потом пытаетесь остановить, и читаете что система также остается в работе? Может попробуете опросить лектусом и приложите его логи?
https://forum.segnetics.com/showthread.php?t=2231