Еще раз добрый день.
Контроллер работает, но для того что бы понять проблему нужно понимать что любое взаимодействие между контроллером и SMLogix это выполнение приложений на стороне контроллера. И вот тут как раз кроется загвоздка потому как вызов любого приложения/команды дает ошибку, и исправить ее можно только либо записав образ системы, либо внесением исправлений но для этого нужен доступ к отладочному порту. Если посмотреть на отладочные платы которые представлены TI под данный процессор sitara am3354 то можно увидеть на них либо uart либо debag интерфейсы, которые как раз и позволили бы закрыть данный вопрос.