Всегда такое было. Связано с тем, что отсчёт координат связей ведётся относительно выходов.
Я не готов сказать, что это неудобно во всех случаях. Иногда эта особенность буквально спасает.
Лично я, если нужно переместить связь, оставив точки перегиба на местах, выравниваю исходный и целевой блоки (кнопка в панели инструментов есть) и переношу. Не бог весть как удобно, но всё же.