[Gromov]

Если честно, я не знаю что может пищать после выключения контроллера. Обновлять deb - бесполезно, это просто пакет программ, вроде ядра лоджика или веб-сервера. Они обновляются только если вышла их новая версия. Нужно переустанавливать linux. Крайне желательно - с форматированием. После этого никакие дополнительно пакеты .deb ставить не надо (кроме случаев, когда вам нужен SMConnect сервер).
Адрес по USB - это нормально, потому что подключается ещё одно сетевое соединение именно с адресом из 111 подсети.

Я думаю, что достаточно было просто 1 раз отформатировать.