В итоге сделал одним регулятором следующим образом:
1 Стандартный макрос My_PID_v5
2 Диапазон выхода -1000...1000
3 на вход data подаем 0, чтобы регулировать начинал с середины диапазона
4 положительные значения выхода - нагрев
5 отрицательные значения выхода - охлаждение
6 выход мультиплексируем на соответсвующие клапана, отрицательные значения берем по модулю.
Работает как часики.