[Gromov]

Смотря какой функционал вам нужен. Из кода на си можно легко получить доступ к портам и даже дисплею. Вопрос только в том, умеете ли вы это делать. Если вы этого не умеете - руководства вроде "быстрый старт" вам не помогут. Если же вы знаете линукс и программирование в нём - то никакие руководства вам уже не нужны.
Что же касается аппаратных входов/выходов - к ним тоже есть доступ из линукса, и если управление ими через лоджик вас не устраивает - то по запросу могут быть предоставлены данные о соответствии выводов процессора аппаратным входам/выходам контроллера. И я не уверен, но вроде при этом гарантия слетает.
Поэтому, если так хочется, я рекомендую вам просто использовать лоджик, а какой-либо хитрый алгоритм управления можно на си реализовать, но управления io всё равно оставить лоджику. Так точно ничего не сгорит.